Q. 거주자가 주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 조정대상지역)의 공고가 있은 날 이전에 조정대상지역 내 주택의 입주자로 선정된 지위(조합원입주권 제외)를 양도하기 위해 조정대상지역의 공고가 있은 다음 날 이후에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 경우(1세대가 보유하고 있는 주택이 없는 경우로서 소득세법 시행령 제167조의6 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우가 아닌 것을 전제) 소득세법 제104조 제1항 제4호 단서에 해당해 ‘양도소득 과세표준의 100분의 50’의 세율 적용대상에서 제외되는지?

A. 소득세법 제104조 제1항 제4호에서는 조정대상지역 내 주택의 입주자로 선정된 지위에 대한 양도소득세는 양도소득 과세표준의 100분의 50의 세율을 적용하는 것을 원칙으로 규정하면서(본문), 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 조정대상지역 내 주택의 입주자로 선정된 지위를 양도하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우는 제외하도록 규정해(단서) 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 특정 행위가 있었던 경우를 양도소득 과세표준의 100분의 50의 세율 적용대상에서 제외하고 있다.

그런데, 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 조정대상지역 내 주택의 입주자로 선정된 지위이기만 하면 이를 언제 양도하는지와 상관없이 양도소득 과세표준의 100분의 50의 세율 적용대상에서 제외할 의도였다면 소득세법 제104조 제1항 제4호 단서에서 ‘매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실’을 증빙서류로 확인할 필요가 없다는 점을 고려할 때, 해당 규정에 따라 양도소득 과세표준의 100분의 50의 세율 적용에서 제외되려면 거주자가 주택의 입주자로 선정된 시기와 입주자로 선정된 지위를 양도하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 시기 모두 ‘조정대상지역의 공고가 있은 날 이전’이어야 한다고 봐야 한다.

또한 소득세법 제104조 제1항 제4호 단서 중 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택의 입주자로 선정된 지위를 양도하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 경우에 대한 부분은 2018년 12월 31일 법률 제16104호로 일부개정되면서 추가된 것으로, 이는 주택법 제63조의2에 따른 조정대상지역을 지정하는 시기가 특별히 존재하는 것이 아님을 고려할 때 조정대상지역 지정 이전에 양도소득 과세표준의 100분의 50의 세율이 적용될 것을 예상하지 못한 상태에서 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 자에 대해서는 신뢰를 보호할 필요가 있기 때문이었는 바, 이 사안과 같이 조정대상지역의 공고가 있은 다음 날 이후에 조정대상지역 내 주택의 입주자로 선정된 지위를 양도하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 경우는 소득세법 제104조 제1항 제4호 단서에 해당하지 않는다고 보는 것이 입법취지에도 부합하는 해석이다.